Pierwsza wzmianka o szkole karaimskiej w Trokach pochodzi z 1576 roku. Wtedy to wojewoda trocki Stefan Zbaraski uprawomocnił budowę szkoły na terenie należącym do gminy karaimskiej. Niestety, na niemal 100 lat wiadomości o Midrasz nikną. Kolejnym dokumentem jest przywilej wydany przez króla Jana Kazimierza w 1665 roku. Na jego mocy Karaimi odbudowali zniszczone wojnami budynki kienesy oraz szkoły. Wystawione dzięku pomocy Karaimów z Nowego Miasta budynki przetrwały niewiele ponad wiek, gdyż spłonęły w 1794 roku podczas pożaru Trok.