Znajdowała się przy ulicy Karaimskiej. Pierwotnie drewniana, podobnie jak kienesa w Trokach była wielokrotnie niszczona i odbudowywana w tym samym miejscu. Po wielkim pożarze w 1830 r., gdy spłonęła doszczętnie, została odbudowana jako murowana. Nowy budynek powstał przy dużym zaangażowaniu Abrahama Leonowicza oraz Józefa Mordkowicza. Budynek na planie prostokąta był zwieńczony ozdobną attyką, a narożniki zdobiły stylizowane szale. Wewnątrz ozdobiony był kolorowymi freskami z motywem roślinnym oraz cytatami ze Starego Testamentu. Malowidła na ścianach i suficie oraz rzeźbiony drewniany ołtarz były dziełem Józefa Mordkowicza.
W czasie I wojny światowej kienesa uległa zniszczeniom, a szczególnie podczas pożaru w 1913 roku. Restauracja kienesy miała miejsce w latach 20-tych dzięki gminie i skromnemu wsparciu ze strony rządu. Po II wojnie światowej początkowo działała, potem przejęta przez władze radzieckie i zamknięta na stałe. Władze miasta rozebrały budynek kienesy w 1985 roku, pod pretekstem budowy budynków mieszkalnych, z których powstał jeden w miejscu rozebranej kienesy. Ołtarz i wyposażenie Karaimi przenieśli do prywatnych domów. W latach 90-tych ub. wieku kryształowy żyrandol z Halicza ozdobił odrestaurowaną kienesę w Wilnie. Halicki ołtarz ozdobiony motywem kiści winogron został przeniesiony do Eupatorii po renowacji stanął w Małej Kienesie.