Przed rewolucją 1917 roku w Eupatorii w kompleksie świątynnym mieściła się rezydencja przywódcy świeckiego i duchownego - hachama.
Wiele wskazuje na to, że kienesy w Eupatorii zbudowano w miejscu starej świątyni wykutej w skale na wzór tej w Jerozolimie. Obecne kienesy wzniesiono po przyłączeniu Krymu do Imperium Rosyjskiego, już w 1803 roku Karaimi uzyskali zgodę cara Aleksandra I na prace budowlane. Wznoszenie Wielkiej kienesy trwało 3 lata do 1807 roku, potem wybudowano małą w 1815 roku. Oba budynki powstawały dzięki staraniom Salomona Babowicza. Kienesy znajdują się przy ulicy karaimskiej od której wita przechodniów duża brama zbudowana ok. 1900 roku.
Kienesa Wielka (Kienesa Zgromadzeń, Azara)
Wejscie do Wielkiej kienesy poprzedza portyk prowadzący do dziedzińca wejściowego, który dzieli się na trzy mniejsze. Pierwszy jest korytarzem zwieńczonym winoroślą, pod nimi znajdują się tablice pamiątkowe poświęcone ważnym postaciom i wydarzeniom z życia społeczności karaimskiej. Drugi dziedziniec jest wyłożony białym marmurem, ważnym elementem jest ponad 300 letnia winorośl. Na środku dziedzińca w 1851 roku postawiono biały cippus dla upamiętnienia wizyty cara Aleksandra I w kienesie. Po dwóch stronach dziedzińca znajduje się 5 tablic z wersetami ze Starego Testamentu. Ostatni dziedziniec podobnie do pierwszego jest zwieńczony winoroślą a ściany pełne są pamiątkowych tablic. Trzeci dziedziniec służył w ciepłe dni nie tylko za miejsce spotkań, ale też modlitwy. W pobliżu znajduje się altana służąca do obchodów jesiennych świąt Chydży Ałłaczychłarnyn.
Z tego dziedzińca dostępny jest marmurowy portyk, który jest przypisywany karaimskiemu mistrzowi Kamburczuk Beniaminowi-aka, składa się on z 13 marmurowych kolumn, które od dołu i góry objęte są opaskami i połączone półkolistymi arkadami. Sufity kienesy zostały przeniesione ze starej podziemnej świątyni. W zachodniej części portyku jest miejsce przeznaczone do uboju rytualnego.
Kienesa zgromadzeń zbudowana została w stylu mauretańskmi, budynek wzniesiono z białego kamienia. Do świątyni prowadzą dwa wejścia. Wnętrze ma plan prostokąta i podzielone jest na trzy części: ołtarz (ehał) skierowany na południe, gdzie w szafie ołtarzowej przechowuje się zwoje Tory. Nad ołtarzem w złotej aureoli znajdują się tablice z 10 przykazaniami. Przy ołtarzy znajduje się też postument ze świecznikami. Hazzan staje przed nim w trakcie modlitwy. Centrum świątyni stanowi jej drugą część i służy jedynie mężczyznom, gdzie na czas modlitwy zajmują miejsce w ławach. Trzecia część oddzielona mauretańską arkadą podtrzymującą zasłonięty balkon pierwotnie przeznaczona była dla osób w żałobie i starszych. Powyżej naprzeciw ołtarza jest galeria dla kobiet (dawniej tylko zamężnych)z oddzielnym wejściem i dziedzińcem.
Wnętrze kienesy zgromadzeń wyposażone było w dary wiernych jak dywany, zasłony, kapy, drogie naczynia. Na początku XX wieku uwagę zwracał żyrandol z Murano, dar Mosieja Szyszmana. W 1855 roku wielka kienesa została przejęta przez Turków i zamieniona w arsenał, dlatego też z wystroju historycznego świątyni zachowały się jedynie fragmenty fresków, żyrandol. Obecnie jedynie skromna część wyposażenia dotrwała do naszych czasów.
Azzara pełniła funkcje nie tylko pomieszczenia modlitw, ale też posiedzeń Sądu Duchownego.
Mała Kienesa
Drzwi na wschodniej ścianie trzeciego dziedzińca prowadzą do czarnego dziedzińca małej kienesy. Wybudowano ją na wzór wielkiej, jednak jest jej uboższą kopią. Z jej pierwotnego wystroju pozostała arkada i stary dębowy sufit. Ołtarz w małej kienesie pochodzi z rozebranej w 1985 roku kienesy w Haliczu.
W 1927 roku obie kienesy zostały zamknięte, jedynie w latach 1942-1959 działała mała kienesa, a wielka została przekształcona na muzeum. Następnie budynki spełniały różne funkcje użyteczności publicznej, co wpływało na ich dewastację. W czasie pierestrojki udało się zorganizować w jednym z pomieszczeń szkoły (Midrasz) salę modlitw, gdzie w 1994 roku złożono część wyposażenia kienesy z Halicza. Po kilkuletniej restauracji kienesa wielka została otwarta we wrześniu 2005 roku, odbywają się w niej świąteczne nabożeństwa i uroczystości. Mała kienesa działał od września 1999 roku. To tu sprawuje się nabożeństwa w dni powszednie i soboty.
W Eupatorii mieściło się Aleksandrowskie Karaimskie Seminarium Duchowne, szkoła która kształciła przyszłych hazzanów. Pierwsi absolwenci opuścili Alma Mater w 1919 roku. Siedziba szkoły początkowo znajowała się w budynkach nie przystosowanych do tej funkcji. Miriam Szymszan podarowała budynek przy ulicy Wołodarskiego, obecnie Proletariackiej, jednak z uwagi na niedogodonści rada powiernicza seminarium w 1897 roku zdecydowała o jego sprzedaży. Dzięki zebranym funduszom z darowizn Karaimów w roku 1913 na niezabudowanej wcześniej parceli powstał kompleks w tym budynek dydaktyczny, dom inspektora szkolnego oraz mieszkanie dozorcy. Wszystkie te budowle przetrwały do dziś