7 kwietnia 1909 roku gmina karaimska otrzymała działkę przy ulicy Grodzkiej na Zwierzyńcu pod budowę świątyni. Trzy lata później Karaimi otrzymali od miasta do bezpłatnego korzystania drugą działkę na której wzniesiono drewniany budynek domu gminy, gdzie zainicjowano prowizoryczny dom modlitwy oraz redakcję czasopisma "Караимское Слово”. Po licznych zbiórkach gminy karaimskiej udało się w 1913 roku zakończyć budowę kienesy. Ulica przy kienesie otrzymała nazwę Karamiskiej. Budynek w stylu mauretańskim projektu Michała M. Prozorowa (1860-1930) wymagał wykończenia, które wstrzymała I wojna światowa. Uroczysta konsekracja świątyni miała miejsce już w II Rzeczpospolitej, a dokonał jej hazzan Feliks Małecki 9 września 1923 roku. Kienesa w latach 1949-1989 pozostawała zamknięta. Uroczystego otwarcia dokonał hazzan Michał Firkowicz 9 marca 1989 r

„W 1911 r. przystąpiono w Wilnie do budowy kiensa [kienesy, karaimskiej świątyni]. Fotografia uwieczniła uroczyste nabożeństwo i położenie kamienia węgielnego. Wybuchła wojna. Mobilizacja i ewakuacja w głąb Rosji przerzedziły szeregi Karaimów. W Wilnie zostało zaledwie kilka rodzin. Budowę świątyni przerwano. Po wojnie zaczęli powoli wracać rodacy. Jeszcze nie zdążyli przymierzyć się do budowy świętego przybytku, jak zjawia się w Domu Gminnym stolarz, u którego jeszcze przed wojną zamówiono wyrzeźbienie ołtarza –  w tym celu sprowadzono, zgodnie z tradycją biblijną, drzewo cedrowe z Libanu. Przed wojną nie zdążył stolarz przystąpić do pracy, pomimo zawieruchy wojennej, głodu, chłodu, epidemii, częstych rewizji i rekwizycji wszystkiego, co cenne, udało się stolarzowi przechować bezcenny surowiec. Zaskoczenie i zdumienie Karaimów nie miało granic – o szczegółach dotyczących ołtarza wiedziało zaledwie kilku członków Komitetu Budowy, z których jeden tylko w owym czasie był w Wilnie, a i on w swoich najśmielszych marzeniach nie podejrzewał nawet, że cedr mógł przetrwać tyle przeciwności losu. Zleceniobiorca przyszedł dowiedzieć się, na kiedy ma wykonać zamówienie..."

Ze wspomnień Zofii Dubińskiej (1915–2008)