Pierwsza wzmianka o szkole karaimskiej w Trokach pochodzi z 1576 roku. Wtedy to wojewoda trocki Stefan Zbaraski uprawomocnił budowę szkoły na terenie należącym do gminy karaimskiej. Niestety, na niemal 100 lat wiadomości o Midrasz nikną. Kolejnym dokumentem jest przywilej wydany przez króla Jana Kazimierza w 1665 roku. Na jego mocy Karaimi odbudowali zniszczone wojnami budynki kienesy oraz szkoły. Wystawione dzięku pomocy Karaimów z Nowego Miasta budynki przetrwały niewiele ponad wiek, gdyż spłonęły w 1794 roku podczas pożaru Trok. W końcu XIX wieku przebudowano budynek szkolny, dokładnie w 1897 otwarta została karaimska szkoła ogólnokształcąca z biblioteką. Budynek szkoły ucierpiał w czasie I Wojny Światowej, po remoncie w 1920 roku ponownie otwarto karaimską szkołę ogólnokształcącą, której kierownikiem został hazzan Szymon Firkowicz. Gdy w 1923 roku szkoła utraciła prawo do miana państwowej stała się centrum życia społeczno-kulturalnego gminy trockiej. W okresie międzywojennym powstało boisko sportowe, działały koła zainteresowań oraz funkcjonowało mieszkanie hachana Seraja chan Szapszała.
Wraz z końcem II Wojny Światowej Midrasz został upaństwowiony, mieściły się w nim urzędy, później mieszkania. W 1994 roku dzięki hazzanowi Michałowi Firkowiczowi budynek został zwrócony gminie karaimskiej. Szkoła powoli zaczęła pełnić swoją rolę, co ostatecznie udało się wraz z rozpoczęciem remontu w 2006 roku. Obecnie budynek szkoły odzyskał dawny wygląd i służy za centrum życia społeczno-kulturalnego Karaimów w Trokach.